美國疾病預防控制中心《醫療機構環境感染控制指南（2003）》認為醫療機構中需要特殊通風的區域包括手術室；高危患者、免疫力低下患者使用的保護性病房/環境；用于隔離空氣傳播患者的房間。需要保護性病房和空氣隔離房間的數量取決于醫療機構的風險評估。對于新建或修建的隔離房來說，需要空氣流向監視器。

    1、保護性病房 盡管保護性病房的確切配置與規格在醫院中不盡相同，這些高風險醫療區域，通過維護使空氣中真菌孢子數量減少到最小，以保護免疫功能低下的患者。進入室內的空氣通過中央空調或局部使用高效過濾器來過濾；直接室內通風；相對走廊的正壓病房2.5pa；封閉很好的房間；每小時通氣次數大于12次，空氣流動速率必須相應調整以確保足夠的空氣流通次數，并且這些速率根據某些因素變化。保護性病房的直接通風不是層流，不會引起平行氣流。研究證實在保護性病房中，層流對患者是否有益。在日常監測的基礎上，利用明顯的視覺手段或測壓器來維護與核實到這些區域入口處的氣流方向。在新建和修建的保護性環境中已經安裝了永久的監視器，設施維修機構可以使病房到走廊的氣流安全單向。

    2、空氣隔離病房 至少有一間配有急救設備的病房來安置空氣傳播的患者。每個醫療機構，包括移動的和長期的機構都應該進行感染控制的風險評估，以確定是否進入空氣隔離區域。一旦需要，可以確定適當的通風設備。以此為目的的空氣管理系統不僅限于中央系統。空氣隔離病房也適合于天花患者的治療與管理。

    對空氣隔離區域的工程學控制的特征包括：①使用負壓病房，在房門緊閉時，通過放在房間的測壓器或安裝指示器嚴密監視空氣流向（例如煙管和振翼小條）。②現有建筑中，每小時換氣次數最少6次，正在修建或新建的區域每小時換氣次數應大于12次。③如果可以的話，將負壓病房和治療室的空氣直接排到室外。至于保護性環境，空氣流動速率取決于每小時換氣次數?？諝飧綦x房間的結構可以有緩沖間或沒有緩沖間。

    當空氣隔離病房的空氣必須再循環時，需要在房間與一般通風系統之間的排風管安裝高效過濾器。另外，可以設置紫外線照射區域，將紫外線作為高效空氣過濾的附屬設施安裝在輸送管中，但它不能代替高效過濾器。紫外線照射裝置應放置在房間的上方，結合至少6次/小時換氣量，也能提供充足的新鮮空氣。當進入空氣隔離房間時，空氣隔離的內容之一是醫務人員與探視者的呼吸道防護。

    對需要保護性環境同時又有空氣傳播疾病的患者管理需要其他一些工程學措施。對這些患者的治療，根據美國建筑師學會指南，在新建和修建工程中需要有緩沖間。相對于房間的患者來說，緩沖間的壓力可以是正壓或負壓。緩沖間可以作為氣壓過渡室。相對于病房的空氣來說，如果緩沖間是正壓，空氣直接排到室外并且每小時換氣量至少10次，工作人員不必戴防護面具進入緩沖間。相對于空氣隔離病房和走廊來說，當緩沖間是負壓時，醫務人員必須戴防護面罩進入緩沖間。

    如果不能使用帶有緩沖間的空氣隔離病房，使用便攜式工業級別的高效過濾器也能增加每小時空氣交換次數以幫助去除霉菌孢子。然而必須有新鮮空氣來實現一定的空氣交換率，四周進入的空氣需要經過高效過濾器。

    3、手術室 手術室的空氣可能含有微生物、灰塵、噴霧劑、棉絮、脫落的上皮細胞和呼吸的習沫。手術室空氣中的微生物水平與房間內走動的人數直接相關。研究表明，在手術期間限制手術室“交通”可以降低凝固酶陰性葡萄球菌感染率。因此在手術期間盡量減少人員走動。一起由溶血性鏈球菌引起的手術部位感染暴發，經追蹤調查發展由寄居在手術室人員的病原菌通過空氣傳播給患者。一些潛在的手術區域附近的地方被發現。但手術區附近細菌的存在影響手術后切口感染的程度尙不清楚。

    對手術適當通風、濕度(<68%)和溫度的控制對外科醫生和患者的舒適度都重要的，同時在避免有益于微生物的生長和傳播的環境條件中也很重要。相對于走廊和比鄰區域來說，手術室應保持正壓。手術室通常沒有可調的空氣管理系統。在手術時，只有手術室相對于走廊和比鄰區域而言持續正壓，保持適當的每小時換氣次數時才允許使用可調的空氣管理系統。為控制熱量，常規手術室的通氣系統至少每小時空氣過濾約15次。其中的3次（20%）必須是新鮮空氣?？諝鈶撚商旎ò暹M入，地板附近排出。